Secondo la tradizione orale, Alliste deve la sua origine ad un gruppo di profughi che, fuggiti da Felline, incendiata dai Saraceni, fondarono un nuovo paese, a cui diedero il nome di Alliste, in ricordo delle ali con cui un angelo li avrebbe avvolti durante la fuga rendendoli invisibili ai nemici. Alla base della leggenda vi sono alcuni elementi reali: le incursioni saracene, frequenti nella zona tra il IX e il X secolo, il culto dell'angelo (un cherubino o san Michele Arcangelo) e la posteriorità di Alliste rispetto a Felline. Secondo altri studi l'origine del nome alliste, anziché derivare dal greco "città bellissima", è da ricondursi al toponimo kal (variante: gal) equivalente a: 1) luoghi abitati, recintati o, comunque, adibiti a custodia umana, di animali o di altri beni; 2) pietra, zona pietrosa, radice pre-indoeuropea. Tale tesi è supportata da una certa diffusione nel Salento del suddetto toponimo: per estensione il termine si riferirebbe anche ad anfratto, luogo riparato, come, ad esempio, per Gallipoli, Galugnano, Calimera.