La Puglia dei parchi e della riserve e delle aree naturali da proteggere è un patrimonio di biodiversità unico in Italia.
Gran parte del promontorio del gargano, del lago di Lesina, quello di Varano nonchè la riserva marina dell'arcipelago delle Isole Tremiti, dal 1995 costituiscono il Parco Nazionale. Un intervento di salvaguardia necessario nei confronti di quello che può considerarsi un vero e proprio paradiso, fatto di chilometri di coste selvagge e frastagliate che incorniciano una fascinosa varietà di ambienti naturali: laghi, grotte, doline, canneti, dune di sabbia, boschi di pini d'Aleppo, vette tondeggianti che toccano i mille metri.
Sulle sponde dei laghi di Lesina e Varano nidificano numerose specie di uccelli, e le loro acque sono ricche di anguille; la zona orientale della laguna di Lesina, caratterizzata da una bellissima duna costiera ricca di macchia mediterranea, pinete e canneti, è riserva naturale dal 1981. Assai più recente (2004) è l'istituzione del secondo parco nazionale pugliese, ovvero quello dell'Alta Murgia, esteso nel territorio di ben 13 Comuni e nato con l'intento di tutelare il patrimonio ambientale e culturale della Murgia dei contadini e dei pastori.
Tra le altre aree protette, sulla litoranea che da Lecce porta a San Cataldo, e poi ad Otranto, si trova l'oasi del WWF delle Cesine, dal 1977 ufficialmente riserva naturale di popolamento animale ed una delle zone umide di maggior interesse naturalistico della regione, con oltre 600 ettari di macchia mediterranea a disposizione delle più varie specie di uccelli -tra cui l'airone- che qui si fermano a svernare.
Di seguito elenchiamo Parchi, Riserve Naturali e le Aree Marine protette della Puglia.